Określona ustawą o regionalnych izbach obrachunkowych właściwość rzeczowa regionalnych izb obrachunkowych obejmuje następujący zakres zadań:

Od 1999 r. zakres zadań izb obejmuje również:

• rozpatrywanie skarg i wniosków dotyczących działalności organów stanowiących jednostek samorządu terytorialnego - art. 229 Kpa.

W 2001 r. znacząco wzrosła liczba i rodzaje sprawozdań objętych kontrolą formalno-rachunkową izb.

W wyniku reformy administracyjnej, od 1999 r. funkcjonuje 16 izb, każda na obszarze jednego województwa.

Organizację i zasady działania izb określa ustawa o regionalnych izbach obrachunkowych oraz rozporządzenie Prezesa Rady Ministrów z dnia 14 stycznia 2000 r. w sprawie siedzib i zasięgu terytorialnego regionalnych izb obrachunkowych oraz szczegółowej organizacji izb, liczby członków kolegium i trybu postępowania.

W każdej izbie działają określone ustawą organy kolegialne:

• kolegium izby składa się z przewodniczącego, którym jest prezes izby oraz z członków powołanych przez Premiera spośród kandydatów wyłonionych w drodze konkursu, w liczbie określonej przez Premiera na wniosek prezesa izby. Kolegium działa pod przewodnictwem prezesa izby oraz w 3-osobowych składach orzekających wyznaczonych imiennie - łącznie z przewodniczącym składu - przez prezesa izby;

• komisja orzekająca w sprawach o naruszenie dyscypliny finansów publicznych, której przewodniczącym jest zastępca prezesa izby. Zastępców przewodniczącego oraz pozostałych członków, w liczbie od trzech do dziewięciu osób, powołuje prezes izby. Komisja orzekająca działa na zasadach określonych w ustawie o finansach publicznych.

Sprawami nie zastrzeżonymi ustawowo do kompetencji organów kieruje prezes izby. Określona przez Prezesa Rady Ministrów szczegółowa organizacja regionalnych izb obrachunkowych przewiduje w strukturze każdej z izb:

• zespoły zamiejscowe realizujące zadania kontrolne, szkoleniowe i doradcze izb pod kierownictwem członka kolegium wyznaczonego przez prezesa izby. Siedziby zespołów zamiejscowych określił Premier. Są nimi byłe miasta wojewódzkie (oprócz Izby opolskiej) oraz miasta: Sandomierz i Oświęcim;

• komisję do spraw rozpatrywania powiadomień skarbnika o dokonaniu kontrasygnaty na pisemne polecenie zwierzchnika. Komisję powołuje prezes spośród członków kolegium w liczbie 3 - 5 osób i wyznacza jej przewodniczącego;

• wydziały kontroli gospodarki finansowej oraz informacji, analiz i szkoleń, którymi kierują naczelnicy;

• biuro Izby, którym kieruje kierownik biura.

Szczegółowy regulamin organizacyjny każdej izby określa jej prezes.

W 1997 r. została ustawowo utworzona wspólna reprezentacja izb - Krajowa Rada Regionalnych Izb Obrachunkowych. W jej skład wchodzą prezesi oraz po jednym reprezentancie kolegium każdej z izb. Pracami Krajowej Rady kieruje przewodniczący wybrany spośród jej składu na dwuletnią kadencję.